Mặc dù không danh tiếng như những quốc tự ở xứ Huế như chùa Thiên Mụ, Thánh Duyên, Diệu Đế, Giác Hoàng… nhưng Chùa Quốc Ân lại là một trong những ngôi tổ đình danh tiếng và lâu đời bậc nhất tại cố đô. Đặc biệt là hiện nay, chùa Quốc Ân vẫn còn bảo lưu được nhiều dấu ấn văn hóa Phật giáo trong các thời kỳ từ Thuận Hóa đến Phú Xuân và Huế ngày nay.

Ban đầu nơi đây chỉ là thảo am nhỏ có tên là thảo am Vĩnh Ân, do tổ sư Tạ Nguyên Thiều khai sơn vào khoảng những năm 1682-1684. Đây là ngôi Tổ đình đầu tiên của phái thiền Lâm Tế từ Trung Quốc truyền sang.

Tổ Sư Nguyên Thiều là người Triều Châu, ông qua Việt Nam hoằng Pháp vào năm 1665 và cho dựng chùa Thập Tháp Di Đà. Khoảng năm 1683-1684, thời chúa Hiền Nguyễn Phước Tần (1648-1687), Ông ra Phú Xuân ở xứ Thuận Hóa dựng chùa Vĩnh Ân (nay là Quốc Ân) tại chân đồi Hòa Thiên phía trái núi Ngự Bình nay thuộc phường Trường An, Huế. Thời ấy, chùa Quốc Ân là một ngôi tổ đình danh tiếng bậc nhất và có vai trò lịch sử rất quan trọng đối với Phật giáo xứ Đàng Trong…

Qua nhiều lần trùng tu nên chùa mang phong cách của nhiều triều đại khác nhau vì thế chùa là một tổng hợp các dấu ấn văn hóa của các thời kỳ.

Qua nhiều lần trùng tu, khuôn viên chùa khá rộng khoảng 5.000m2, trong đó diện tích xây dựng khoảng 550m2. Chùa kiến trúc theo kiểu chữ khẩu truyền thống, tam quan quay hướng Tây Nam gồm 4 trụ. Vào cổng, qua khoảng sân rộng là chính điện.

Bên phải sân có tấm bia kích thước (1.6 x 0.725 x 0.07)m do chúa Nguyễn Phúc Chu ghi bài minh tựa đề “Sắc tứ Hà Trung Tự Hoán Bích Thiền sư tháp ký minh” dựng vào tháng 4 năm Bảo Thái thứ 10 (năm 1730). Cạnh bia là 2 am thờ Thiên Y A Na và am thờ Ngũ Hành.

Gian bên trái thờ Bồ Tát Quan Thế Âm, hai bên là Hộ pháp, phía trước thờ Bồ Đề Đạt Ma, gian bên phải thờ Quan Vân Trường, các tượng khí này đều do Tổ Nguyên Thiều mang đến từ Trung Hoa. Hậu liêu thờ chân dung Tổ Nguyên Thiều và nhiều long vị của chư tổ và chư vị trú trì kế thế…

Đặc biệt, đến này chùa vẫn còn lưu giữ được nhiều tượng khí và pháp khí xưa quý từ thời khai sơn cho đến nay. Đó là bộ tượng Tam Thế Phật, tượng Phật Thích Ca được chú tạo vào khoảng năm 1851.

Ngoài ra, chùa còn lưu giữ chiếc khánh đồng có hoa văn rất đẹp đúc từ thời Minh Mạng và nhiều pháp bảo, pháp khí khác như đại hồng chung, bia ký…

Ngôi chùa ngày nay do Hòa thượng Diệu Tánh trụ trì. Ngài đã tổ chức trùng tu chùa thành một ngôi già lam thanh tịnh, trang nghiêm.

Đến tham quan chùa Quốc Ân, ta như bước vào một bảo tàng thu nhỏ trưng bày thờ tự nhiều tượng khí, pháp khí mang nhiều dấu ấn văn hoá của Phật giáo xứ Đàng Trong nói chung và xứ Thuận Hoá nói riêng.